Johann Confais

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux | Life Sciences Université Paris-Saclay Dans une étude publiée dans le journal Genome Biology, les scientifiques de l’Unité de Ressources Génomiques info – URGI (INRAE/UPSaclay, Versailles) se sont intéressés au rôle des éléments transposables (ETs) dans l’adaptation des organismes à leur environnement. Les ETs, qui peuvent s’insérer i...

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux sco.lt/6JjBei via Scoopit/Life Sciences Université Paris-Saclay @univparissaclay.bsky.social

Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ?
👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78)
📅 30-31 mars 2026.
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous avez besoin de vous former à #Linux ?
👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas
📅 1er avril 2026
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l'
@ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social
Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !

Thank you very much, @anneroulin.bsky.social ! The resources available on Brachypodium distachyon were indeed a key factor in our decision to choose it as our model. I hope that this new data will reinforce the appeal of this model plant and strengthen the community around it. #goBrachy

✨ Take-home message:
panREPET provides a robust and scalable framework to study TE evolutionary dynamics at the species level—without a reference genome.

⏳ By combining pangenomics with SNP-based genetic distances, we date major waves of TE activity:
❄️ ~22 kya (Last Glacial Maximum)
🌍 ~10 kya (Holocene)
👉 suggesting a link between climatic stress and TE mobilization

🌱 Application to 42 Brachypodium distachyon genomes
→ >18,000 shared TE insertions detected
→ population structure consistent with SNP-based analyses
→ fine-scale view of core, shell, cloud, and singleton TE insertions

⚙️ What panREPET does:
• detects TE insertions shared across individuals
• reconstructs full TE sequences
• provides precise genomic coordinates in each genome

🔬 Why does it matter?
TE insertions vary widely among individuals. Reference-based approaches do not fully capture this diversity. panREPET directly compares de novo assemblies, avoiding reference bias.

A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...

🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130...
We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

Merci aux organisateurs du STBDE de @upecofficiel.bsky.social de nous avoir convié à cet événement festif et convivial !

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome!

Invited speakers:
-Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology)
-Frank Johannes (Technical University of Munich)
@nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

🚨 New offer in our lab:
🐝🧬22-month postdoc or engineer position to estimate the effectiveness of the genetic queen fertilisation control in honey bees through large-scale sequencing and genomic analysis
Location: Toulouse, France 😍
More information: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Annonce_...
Reposts🙏

Bd21 and Bd21-3 display distinct lateral root emergence dynamics following root tip excision.

Root tip excision-induced exodermis lignification impacts lateral root emergence in Brachypodium distachyon

Bellande et al. @joopvermeer.bsky.social @tbadet.bsky.social @anneroulin.bsky.social @rootcap.bsky.social

nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

Blinded by the lights? Re-examining the adaptive role of transposable elements in plants with population genomics Transposable elements (TEs) are ubiquitous components of the genome whose mobility can be triggered by environmental stress and influenced by genotype…

Have we been overstating the role of transposable elements in adaptation to local or rapidly changing environmental conditions? Happy to share my (somewhat unpopular?) opinion paper on this matter: www.sciencedirect.com/science/arti...
Thanks to those who already shared the link!

A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation.
#TEsky #transposon

Y aura-t-il de la neige à Noël ? ❄️ Au fond des océans, oui !
La « neige marine » est un phénomène méconnu qui permet à l’océan d’emprisonner dans ses profondeurs le carbone issu du CO2 atmosphérique et de participer ainsi à la régulation du climat. www.cnrs.fr/fr/actualite/po...

🎙️ Nouvel épisode de Têtes Chercheuses qui nous plonge en immersion dans les recherches prometteuses en #épigénétique de Deborah Bourc'his, directrice de recherche Inserm et cheffe d’équipe à l’Institut Curie.

▶️ curie.fr/actualite/po...

Fil RH #CNRS de la semaine
#VeilleESR

Dans la continuité du sujet précédent et comme nous sommes dans une période de prise de fonction, voici un fil sur les concours externes CNRS des ingénieurs et techniciens.

Comment les concours externes IT évoluent au CNRS ?
1/12

Fil RH #CNRS de la semaine
#VeilleESR

Ayé, les concours chercheurs CNRS sont ouverts ! C’est le moment idéal pour prendre la vague, toute honte bue, et publier quelques données pluriannuelles sur ces recrutements
1/9

carrieres.cnrs.fr/concours-ext...

For those passionate about the aphid: Dysaphis plantagina, the #REPET track is now available on BIPAA JBrowse (bipaa.genouest.org/sp/dysaphis_...) with a direct link to #RepetDB for each #transposon copy! Enjoy! #TEsky

Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome!

Invited speakers:
-Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology)
-Frank Johannes (Technical University of Munich)
@nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social

Such a #PLEASURE to be involved in this collaboration ! All the #transposon annotated during the project can be visualized in #RepetDB the TE database.
#TEsky

ColabCuraTE: an easy-to-use, web-based pipeline for the manual curation of transposable elements - Mobile DNA Background Transposable elements (TEs) are widespread mobile DNA sequences that shape genome structure, function, and evolution. Although automated tools exist for the de novo identification and class...

WOW! Very promising new tool to facilitate collaborative manual curation of TEs link.springer.com/article/10.1...

A. thaliana has been pivotal in advancing our understanding of the bases of adaptation to past and ongoing environmental changes! A very nice review by @ahancock.bsky.social, Swan Portlier, Andrea Fulgione, @mgstetter.bsky.social and @meauxjuliette.bsky.social

www.annualreviews.org/docserver/fu...

As usual, I had a wonderful time at #MobilET ! It was such a pleasure to see everyone again!

Internship position open at INRAE-URGI for 2026, more details available here www.sfbi.fr/emplois/offr...

🚨 📢 PhD offer in a nice place with nice people.

Congrats Rita !